Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Borneo Tarakan merupakan satu-satunya LPTK negeri di wilayah Kalimantan Utara. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan UBT didirikan pada tahun 2001 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia nomor 37/D/O/2001, tanggal 5 Juni 2001. Universitas Borneo Tarakan didirikan oleh Yayasan Pinekindi pada tanggal 09 Oktober 1999 dan ditetapkan pada tanggal 30 Maret 2000 berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Pinekindi Nomor: 011/YP/TRK/III/2000. Sebagai fakultas yang baru, program studi yang dibuka yaitu Program Studi Pendidikan Pendidikan Biologi, Program Studi Pendidikan Matematika, Program Studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, serta Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris. Tahun 1999 sampai dengan 2010, Universitas Borneo Tarakan merupakan perguruan tinggi swasta, dan menjalani alih status sebagai perguruan tinggi negeri di tanggal 19 November 2010 sampai sekarang. Alih status menjadi Perguruan Tinggi Negeri tercantum dalam Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 19 yang dituangkan ke dalam Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 65 Tahun 2010 Tentang Pendirian Universitas Bangka Belitung, Universitas Borneo Tarakan, dan Universitas Musamus yang ditetapkan di Jakarta pada tangal 19 November 2010. FKIP UBT berkedudukan di Kota Tarakan, Kalimantan Utara, dimana Kampus Utama Universitas Borneo Tarakan berada di bagian timur kota Tarakan, yaitu di tepi Pantai Amal yang terletak di Jalan Amal Lama Nomor 1 Kota Tarakan.
Sampai dengan tahun 2022 ini FKIP terdiri dari enam Jurusan dan enam Program Studi, yaitu:
- Jurusan/Program Studi Pendidikan Biologi
- Jurusan/Program Studi Pendidikan Matematika
- Jurusan/Program Studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia
- Jurusan/Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris
- Jurusan/Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar
- Jurusan/Program Studi Bimbingan Konseling