FKIP Universitas Borneo Tarakan memiliki beberapa struktur organisasi, dimana masing-masing unsur tugas dan wewenangnya sesuai dengan peraturan yang ada (Gambar 1). Unsur-unsur organisasi FKIP Universitas Borneo Tarakan terdiri atas: pimpinan, senat fakultas, pelaksana akademik, dan tenaga kependidikan (supporting staff).
Unsur pimpinan terdiri atas Dekan dan 2 (dua) Wakil Dekan. Dekan sebagai pimpinan tertinggi mempunyai tugas memimpin pelaksanaan pendidikan dan pengajaran, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan pembinaan sivitas akademika di lingkungan FKIP. Dalam melaksanakan tugas sehari-hari, Dekan dibantu oleh dua Wakil Dekan, yaitu
- Wakil Dekan I membantu di bidang akademik dan kemahasiswaan
- Wakil Dekan II membantu di bidang umum dan keuangan